Fyra personer, varav två piloter, ska ha varit ombord på fraktplanet som flög från tyska Leipzig. Kraschen inträffade vid 05.30 på måndagsmorgonen, rapporterar litauiska public service-bolaget LRT.
En av personerna ombord omkom i kraschen. Ytterligare en i besättningen uppges vara allvarligt skadad.
Planet störtade bara kilometer från flygplatsen och kraschlandade i ett bostadsområde. En stor brand bröt ut i ett bostadshus vid platsen, men enligt LRT evakuerades samtliga boende och det finns inga uppgifter om någon skadad.